Університет належить до вищих навчальних закладів зі значним науковим потенціалом. Сьогодні в університеті сформувалися 5 наукових шкіл, які очолюють відомі в Україні фахівці, які провадять дослідження в актуальних напрямках економічної науки:
– професор В.С.Пономаренко «Розробка системи стратегічного управління промисловим підприємством»
– професор В.М.Гриньова «Сучасна теорія організації виробництва і підприємницької діяльності»
– професор Т.С.Клебанова «Розробка методів аналізу та раннього попередження дестабілізації функціонування систем різного визначення і рівня ієрархії»
професор П.А.Орлов «Економічні проблеми відновлення основних виробничих фондів і амортизаційна політика»
– професор Ю.Б.Іванов «Наукові основи оподатковування в умовах трансформації економіки»
Стратегія розвитку університету передбачає сприяння формуванню і підтримку 5-6 наукових шкіл як “точок зростання”, яким належить забезпечити підтримку конкурентних переваг ХНЕУ в науковій і освітній сферах.
Фундаментальні науково-дослідні роботи, що провадяться в університеті спрямовані на вирішення актуальних проблем економіки держави. На основі бюджетного фінансування фундаментальних досліджень ХНЕУ бере участь у низці державних наукових програм з найважливіших проблем природничіх, суспільних і гуманітарних наук за професійним напрямком «Економіка». Тут, в 2006 р. виконувалися дослідження за шістьома темами.
Прикладні дослідження переважно спрямовуються на вирішення господарських завдань вітчизняної промисловості. Для досліджень є характерним широке використання нових підходів в організації науки та відповідність вимогам часу. Поглиблене співробітництво ведеться з рядом промислових компаній регіону: ВАТ “Турбоатом”, ВАТ “Харківський тракторний завод”, ДП “Завод ім.Малишева”, ВАТ “Світло Шахтаря”, ДП ХМЗ “ФЕД”, ДІ “Гіпрококс” (32 дослідження в 2006 р.).
В 2005 – 2006 р. провідними партнерами університету в сфері НДР були Науково-дослідний центр індустріальних проблем розвитку НАН України (НДЦ ІПР НАН України) – разом із центром виконуються дослідження на замовлення Головного управління економіки Харківської обласної державної адміністрації; Північно-Східний науковий центр НАН України, де працює очолювана проф. В.С.Пономаренком секція «Теоретичні основи і практичні рекомендації з проблем економічного розвитку регіону». Здійснюється обмін результатами НДР з Центральним інститутом післядипломної педагогічної освіти АПН, Науково-дослідним інститутом соціально-трудових відносин (Луганськ); підписаний договір про творче співробітництво із Державним науково-дослідним і проектним інститутом основної хімії (НІОХІМ), що передбачає здійснення експерименту з розвитку інтелектуального капіталу організації та проходження переддипломної практики магістрами. Учені кафедри оподатковування беруть участь у дослідженнях Інституту економіки і прогнозування НАН України, тема – «Засади реформування податкової політики як складової системи формування бюджету та економічного розвитку країни» (2006 – 2010 р.). При кафедрі економічної кібернетики функціонує постійний семінар з проблем економіко-математичного моделювання соціально-економічних систем, що діє як складова академічного семінару «Кібернетика» НАН України.
Стратегічним напрямком розвитку наукової роботи в університеті є забезпечення, з одного боку, єдності наукової і освітньої діяльності, а з іншого – інтеграція їх з виробництвом. Такий підхід надає можливість динамічно реагувати на потреби економіки та ефективно використати нові знання для вдосконалення навчального процесу.
В університеті діють дві науково-дослідні лабораторії: НДЛ соціально-економічних проблем суспільства та НДЛ оцінки рівня креативності і інтелекту. На базі НДЛ соціально-економічних проблем суспільства колективом вчених була розроблена Стратегія соціально-економічного розвитку Харківської області на період до 2011 р.
Для стимулювання наукової активності молодого покоління на факультетах і кафедрах використовуються різні форми роботи – щорічні наукові конференції, Всеукраїнській конкурс студентських робіт, круглі столи, ділові ігри, дебати з актуальних економічних питаннь, ситуаційні вправи, тестування. В останні роки на порядок зросла кількість наукових конференцій різного рівня і охоплення ними наукового співтовариства. Розвиток одержали студентські науково-практичні конференції, учасники яких відбираються на основі конкурсного відбору за результатами факультетських і кафедральних конференцій. Для координації студентської НДР в ХНЕУ створені Рада по науково-дослідної роботі студентів і Рада молодих учених, діє Студентське наукове товариство, сектор науки Молодіжної організації.
На базі ХНЕУ створений Навчальний центр інноваційної підготовки спеціалістів, до роботи якого залучені Центр індустріальних досліджень НАН України, промислове підприємство ЗАТ «Пiвденкабель», комерційний банк «Грант».
Основні напрямки діяльності центра:
інноваційна підготовка фахівців з ліцензованих напрямків навчання в університеті;
післядипломна освіта, поглиблена вузькоспеціалізована підготовка фахівців у сфері наукових економіко-організаційних досліджень, прогнозування і проектування;
дослідження і консалтинг інноваційного циклу «наука – виробництво».
Підготовка науково-педагогічних кадрів вищої кваліфікації здійснюється через аспірантуру і докторантуру як з відривом, так і без відриву від виробництва за спеціальностями: бухгалтерський облік, аналіз і аудит; демографія, економіка праці, соціальна економіка і політика; економіка промисловості; економіка, організація і управління підприємствами; економіко-математичне моделювання; економічна теорія; організація управління, планування і регулювання економіки; розміщення продуктивних сил і регіональна економіка; фінанси, грошовий облік і кредит.
В університеті діє спеціалізована вчена рада: Д 64.055.01 для захисту дисертацій на одержання наукового ступеня доктори й кандидата економічних наук за фахом: 08.06.01 економіка, організація й керування підприємствами.